Una parte significativa de los espacios de esta comarca cuentan con alguna figura de protección autonómica o internacional:

Reserva de la Biosfera Marismas del Odiel. Se localiza al sur de la provincia de Huelva, en los municipios de Huelva, Punta Umbría, Aljaraque y Gibraleón. Está integrado en un sistema complejo de estuario originado por la desembocadura de los ríos Tinto y Odiel y su superficie es de 7.185 hectáreas. Coinciden además las figuras Sitio Ramsar, Paraje Natural, Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA) y Lugar de Interés Comunitario (LIC), todas ellas destacando su importancia para las aves, en particular las acuáticas.

© Fotografía: Cinema Sur

Reserva Natural Laguna del Portil, uno de los humedales litorales onubenses más representativo y en mejor estado de conservación. Se localiza en el Término Municipal de Punta Umbría, junto a la localidad de El Portil, con una superficie de la cubeta de 15 ha. También está declarado Lugar de Interés Comunitario.

Paraje Natural Marismas de Isla Cristina. Se encuentra en los Términos Municipales de Isla Cristina y Ayamonte. Con una superficie de 2.145 ha, se trata de un complejo de marismas asociadas a las desembocaduras de los ríos Guadiana y Carreras que constituye un importante área de reproducción de aves de zonas húmedas, al igual que para el paso e invernada. Está declarado como Zona de Especial Protección para las Aves y Lugar de Interés Comunitario.

Paraje Natural Marismas del río Piedras y Flecha del Rompido. Se localiza en los Términos Municipales de Cartaya y Lepe. Con una superficie de 2.530 ha, se trata de un área de marismas y arenas litorales importante para la reproducción, invernada y paso de muchas aves limícolas y otras especies de zonas húmedas. También importante por las praderas de Spartina marítima . Está declarado a su vez zona ZEPA y LIC.

Paraje Natural Enebrales de Punta Umbría. Se encuentra en el Término Municipal de Punta Umbría (Huelva). Tiene una superficie de 162 ha. Se trata de un ecosistema dunar de transición marino-continental en el que lo más característico es el bosque mixto de enebros ( Juniperus oxycedrus subsp. macrocarpa ) y sabinas ( J. phoenicea ), formación escasa en el litoral andaluz. También está declarado LIC.

Parque Periurbano La Norieta, de unas 94 ha de superficie, es parte del monte denominado Campo Común de Abajo , titularidad del Ayuntamiento de Punta Umbría (Huelva); se haya en la zona de protección de la Reserva Natural Laguna de El Portil y colindando con la Reserva Natural Marismas del Odiel. Zona de esparcimiento y recreo.

Además de los espacios anteriores, los siguientes espacios están incluidos en la Red Natura 2000 como Lugares de Interés Comunitario: Andévalo Occidental : importante zona de dispersión de águila imperial ibérica ( Aquila adalberti ) y zona lincera, dehesas; Isla de San Bruno : los objetivos de conservación se refieren a marismas y prados salinos y especies vegetales amenazadas; Río Guadiana y Ribera del Chanza : a destacar su ictiofauna; Estuario del Río Piedras : uno de los escasos estuarios de Andalucía; Marisma