Existen varios Espacios Protegidos dentro de la comarca del Condado de Huelva que pretenden conservar su diversidad natural:

Parque Nacional de Doñana. Las 55.327 ha que ocupa son sin duda el más importante espacio natural de Europa. Son numerosas las características que hacen a este espacio naturales único, por ejemplo, lo variado de los ecosistemas representados, su alta diversidad específica, el buen estado general de conservación, o su importancia en el proceso anual de las migraciones o la invernada de las aves. Sus límites incluyen municipios de Huelva, Cádiz y Sevilla, aportando Huelva 5 municipios englobados en la comarca del Condado. Está declarado Reserva de la Biosfera y Patrimonio de la Humanidad (UNESCO), así como Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA), Lugar de Interés Comunitario (LIC) e incluido como Sitio Ramsar.

Parque Natural de Doñana . Ocupa 53.835 ha, repartida entre las provincias de Huelva, Cádiz y Sevilla Podemos considerarlo como una continuidad del Parque Nacional, radicando la diferencia en una mera división administrativa más que real. Las cualidades que lo han hecho ser merecedor de una figura de protección son las mismas que atesora el Parque Nacional.

Paraje Natural Lagunas de Palos y Las Madres. Complejo formado por cuatro lagunas, Laguna Primera de Palos, de la Jara, de la Mujer y de las Madres, que suponen una singularidad hidrogeomorfológica, muy rara en la Península Ibérica, puesto que han sido originadas por el denominado fenómeno de obturación dunar. Declarado como Lugar de Interés Comunitario.

© Fotografía: Francisco Jiménez

Además de los espacios anteriores, los siguientes espacios están incluidos en la Red Natura 2000 como Lugares de Interés Comunitario: Corredor ecológico del río Tinto : Importante como nexo de unión y corredor ecológico entre Doñana y la Sierra Morena para asegurar la supervivencia del lince ibérico ( Lynx pardinus ); Acebuchal de Alpizar ; Dehesa de Torrecuadros y arroyo de Pilas : espacio en el que se asienta lince ibérico y usa el Arroyo de Pilas como zona de expansión hacia otros territorios; Doñana Norte y Oeste : Muy importante para lince ibérico así como para los bosques de fresno ( Fraxinus angustifolia ); Marismas y Riberas del Tinto : representa el último refugio para la avifauna protegida asociada al medio acuático de las antiguamente extensas marismas del Tinto, importante también por la presencia del lince ibérico; Estuario del río Tinto ; importante por ser la zona de estuario del río Tinto y ser de las pocas representaciones de este tipo de hábitat en Andalucía; Dehesa del Estero y Montes de Moguer : Importante por la presencia de dunas fijas descalcificadas euatlánticas ( Calluno-Ulicetea ) y dunas con vegetación esclerófila ( Cisto-Lavanduletalia ) así como por la presencia de lince ibérico; Laguna de Palos y las Madres : importante presencia de lagunas con interesantes formaciones turbosas y de un antiguo frente dunar, constituyendo un área de apoyo de aves que residen en los Parques Natural y Nacional de Doñana; Dunas del Odiel : La zona tiene en sí misma un valor por el origen geomorfológico del sistema y la presencia de materiales turbosos, permitiendo la aparición de una flora singular con especies de gran interés y sirviendo además como refugio a una variada fauna nidificante.